水库中的天然饵料生物包括浮游植物、浮游动物、底栖动物、水生维管束植物、周丛生物、有机碎屑和微生物等，水库的鱼产力决定于饵料生物的组成及数量。水库蓄水后，水位升高，水流减缓，透明度增大，大量的营养物质从淹没区析出，条件更有利于浮游植物的繁殖，其种类和数量都比原河道丰富。浮游动物亦因悬浮物沉淀、浮游植物和细菌大量繁殖而大量滋生。周丛生物生长在水库四周浸没的石砾、树枝或杂草表面，是刮食性鱼类的饵料。多数水库由于水位变动大，库底淤泥少或淤积太多太快，底栖动物的种类和数量比较贫乏，而有些较浅的平原湖泊型水库及老化的水库，底栖动物则比较丰富。水生维管束植物在多数水库中比较贫乏。各类生物死亡后，其残骸经机械力破碎和异养细菌及真菌的作用，产生有机碎屑，有一定的营养价值，可供食腐屑的鱼类利用。细菌除了起分解作用外，还会形成细菌絮凝体，可供浮游动物和鲢、鳙等鱼类滤食。充分、有效、合理地利用天然饵料生物生产鱼产品是水库的功能之一。为此，选择适于水库放养和增殖的对象种类，必须根据水库特点与饵料生物基础来确定。

水库形成后，由于水文条件和生物状况等一系列变化，在没有人为因素干扰下，河流性鱼类移居上游，其数量增长受到较大限制，有的种类甚至消失，湖泊性鱼类获得大量发展的机会。此外，由于洄游通道受堤坝阻拦，洄游性鱼类不能从下游进入水库，数量逐渐减少，以至消亡。因此，必须适时采取人工放养和增殖措施，人为地调整水库鱼类区系，甚至在水库蓄水前或蓄水初期就着手进行，使之能充分利用水库中的天然饵料生物，发挥水库生产鱼产品的功能。水库蓄水后，一般经历营养高潮期、营养低落期和营养稳定期。随着营养物质的变化，天然饵料生物也随之发生变化，还必须相应地对放养和增殖措施加以调整。