在生态养殖过程中最常见的病原菌主要是细菌和霉菌，这些菌严重威胁着人类健康，因此养殖者必须注意控制。

⑴大肠杆菌 大肠杆菌是鸡和人肠道内的正常菌群，多数不致病，而且在维持肠道正常生理功能方面起着重要作用。但有少数菌被称为致病性大肠杆菌，可直接感染肠道。主要包括肠致病性大肠杆菌、肠产毒性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌、肠黏附性大肠杆菌。这些菌可以引起动物局部性或全身性大肠杆菌感染、腹泻、败血症和毒血症等，是一种人畜共患疾病。

在这里主要是提醒养殖者，本病是食品安全检测的一个指标，养殖过程中一定要做好本病的控制。主要是严格消除传染源（本病传染源主要是动物粪便），做好消毒工作，并加强饲养管理，防患于未然。

(2)沙门菌 沙门菌是一种重要的人畜共患病，也是食品安全检测的一个指标，本菌引起的食品中毒是世界主要中毒病之一。本菌在自然界分布广泛，血清型众多。养鸡的主要传染源是动物性饲料原料，比如鱼粉、骨粉等。鸡感染本菌后易得白痢、伤寒和副伤寒，症状与防治在以后章节会讲到，一旦感染本菌将很难根除。作为生态养殖者，一定要严格控制本病的传入。可以定期做沙门菌的平板凝集试验，以检测鸡群中是否存在阳性菌，一旦发现阳性菌立即淘汰。做好引种和动物性饲料原料的沙门菌检测是控制该病传人的有效方法。

(3)霉菌 霉菌即发霉的真菌，它在饲料及饲料原料代谢过程中听产生的代谢产物叫霉菌毒素，主要产生于饲料的加工和贮存期间。土鸡采食受污染的饲料后，可以在肝、肾、肌肉中检测出霉菌毒素。其中黄曲霉菌是目前发现的感染最多的菌类，同时该菌也是最强的化学致癌物，其他还包括褐曲霉菌、玉米赤霉烯酮、呕吐霉素、T-2毒素等。霉菌的生长温度为20~30°C，相对湿度为80%~90%，饲料原料的含水量是霉菌能否生长的一个关键因素。因此防止霉变要注意以下几方面。

①严格控制玉米水分。玉米是饲料原料的主要能量饲料，在日粮中添加比例较大，必须严格控制玉米水分。在检测玉米水分时，一般北方要求水分含量低于12%，南方要求低于14%。已经发霉或者水分较大的玉米千万不可用于饲粮中。

②慎用动物蛋白饲料。动物蛋白饲料如果含水量较高或者脱脂不全，容易引起霉变。主要是机榨生产的饼类和储存时间过长的油脂类饲料。饲料中加了油脂一定要尽快使用，不可储存时间过长。

③注意饲料加工环节。在饲料加工过程中，主要注意两点，一是饲料加工散热要充分，特别是颗粒料，要调节好冷却的时间与所需的空气量；二是饲料生产设备要卫生，防止空气中的霉菌孢子污染。

④加强饲养管理过程。在饲养管理中，可能会出现雨水等淋湿饲料，水槽漏水进入饲料中，长时间容易引起霉变。因此在饲料的保存与使用过程中，应当注意防水、防潮。目前在饲料中普遍使用防霉剂，主要是丙酸及其盐类。这些防霉剂具有抑菌范围广、安全性高等优点。但这些防霉剂只有在pH值低于5的时候，抑菌效果才佳。所以在饲料的使用与保存过程中应注意防霉。