近年来，我国水产养殖业的快速发展和大规模扩张，对生态环境造成了严重的污染和破坏，主要表现为养殖过程中的饲料污染、渔药污染、养殖废水污染、水资源的开发和利用不合理等。
一、饲料污染
在水产养殖过程中，饲料是促进水产动物生长的必需物质，但是，不合理、不科学的投饵方式不仅会造成饲料的浪费，也会对水环境造成污染。我国水产养殖者大多采用的是生鲜饲料，这种饲料不仅营养丰富，而且价格低廉。
但是，生鲜饲料在水中的稳定性较差，吸收利用率不高，仅有 20%-30%的营养物质能够被水产动物所吸收，而大部分饲料则直接散失到水中，或者通过水产动物的排泄物再次进入水体，对水环境造成二次污染。
我国烟台的鲑鱼大型网箱养殖区域，由于大量生鲜饲料的投放和鱼粪便的沉积，网箱养殖区底部沉积了大量的有机物，而网箱底部沉积物的氮、磷和碳的通量很小，所以每年能够得到分解的有机物仅有 10%，而其余 90%的有机物则残留于水中，对该区域的水环境造成了一定的污染。残饵、粪便中含 N、P 的营养物质和其他有机物是造成水体富营养化的主要污染物质。
而且，水体富营养化往往伴随着生化需氧量、硫化氢、甲烷等有毒化合物的增加，使得大量硫化细菌繁殖，引发水华，甚至引起养殖区域周边土壤的酸化，对养殖水域及其周边环境造成了极大的危害。
与生鲜饲料相比，配合饲料则具备高效、优质、低污染的特点，但因为配合饲料成本较高、价格昂贵，往往被养殖者拒之门外。目前，我国水产养殖普遍使用的是天然饵料及人工粗配制的饲料。
据统计，我国水产养殖业配合饲料的使用率还不到 50%，然而，每年鲜杂鱼等生鲜饲料的使用量却高达 3500 万吨，生鲜饲料氮、磷的排放量是配合饲料的4 到 5倍，大量未被水产动物吸收的有机物沉积在水中，极易造成养殖水域的环境恶化，甚至引发病害，对我国水产养殖业的健康发展和水产品的质量安全造成了一定的影响。
二、渔药污染
在水产养殖过程中，养殖者为了防止鱼病通常会投放一定量的渔药，据统计，我国使用的渔药主要有恩诺沙星、阿维菌素、二氧化氯、氟苯尼考、聚维酮碘、戊二醛苯扎溴铵、氟苯胍、孢虫净、地克珠利、环烷酸铜等，科学合理地用药不仅能够保证良好的防治效果，也能够降低药物施用对水环境的影响。
但是，我国的部分水产养殖者为了追求经济利益、降低生产成本，往往忽视对病原菌的检测，凭借一己经验投放药物，有时会出现滥用、误用渔药等现象，甚至有些养殖者为了提高产量还会投放一些促进鱼虾产卵和生长的激素类药物。
养殖过程中投放的渔药会有相当一部分直接散失到水中，如果渔药的选择不合理、投放的方式不科学，不仅起不到防病治病的效果，也会对水环境中的有益菌和浮游生物造成一定的伤害，甚至会危害到水环境的微生态平衡。药物的大量残留也会导致一些对药物较为敏感的水生动物和植物的死亡，甚至导致某些种群的灭亡。
大量残留的渔药不仅会污染水环境，还可能污染养殖水域周边的土壤环境，导致土壤“中毒”，进而影响养殖水域周边植物的生长，产生“连环污染”。尤其是一些性质稳定的药物，难以被水环境中的微生物分解，会长期积累在水产动物体内和水环境中，并通过食物链逐渐放大，甚至会对整个水域生态系统以及人类的身体健康造成危害。
由于我国部分养殖者对病害防控的相关知识了解甚少，渔药被滥用、误用的现象普遍，使得养殖水域的药物残留状况较为严重，药物残留不仅污染了水域生态环境，其在水产动物、植物体内的积累，也会危害到我国水产品的质量安全，从近年出现的“氯霉素事件”、“多宝鱼事件”、“孔雀石绿事件”、“恩诺沙星事件”中可见一斑。
三、养殖废水污染
目前，我国尚缺乏水产养殖业统一的废水排放标准，养殖者为了规避治污成本，通常不会采用循环水养殖系统和水体净化技术对废水进行循环利用和净化处理，而直接将废水排放到周边水域，如果长期排放含有大量污染物质的养殖废水，则会导致接纳水体出现富营养化和厌氧状态，甚至会使水环境的生物多样性发生改变，引发较为严重的生态问题。根据农业部的调查结果显示，仅太湖流域的养殖池塘每年向外排放的总氮含量就高达 10千克/亩。
养殖废水的排放易导致水域富营养化，而水域富营养化已经被证实是海洋赤潮和内陆水体蓝藻水华发生的重要原因。自20 世纪 70 年代以来，我国沿海赤潮发生的频率就以每10年增加 3 倍的速度上升，受赤潮影响的海域面积大幅增加。赤潮的暴发对海洋生态环境造成了影响，有时可能会导致鱼类或其他海洋动物的死亡。
20 世纪 90 年代后，我国内陆湖泊发生蓝藻水华的现象日益加剧，云南滇池、江苏太湖和安徽巢湖等大型湖泊内均暴发了严重的蓝藻水华。赤潮和蓝藻水华的暴发危害到了海洋、湖泊的生物资源，甚至部分赤潮藻类和水华蓝藻毒素能够在水生动物体内积累并通过食物链转移，对水产品消费者的身体健康造成一定的影响。
四、水资源的开发和利用不合理
水产养殖业是“以水为田”的农业，水产养殖活动必须以水环境为支撑，如果对水资源的开发和利用不合理，则会对水资源造成严重的污染和浪费。目前，我国海水养殖水域的开发利用布局不合理，主要表现在两个方面：
第一，我国部分内湾近岸海域的资源开发过度。我国部分养殖者只追求短期的经济利益，不断扩张养殖规模，忽视了长远的生态和环境效益，缺乏统一规划管理，养殖布局严重不合理，养殖量严重超出养殖水域的环境容量，致使局部海域开发过度，出现了养殖个体小型化、水产动物死亡率上升、水产品的质量下降、病害频繁发生等现象，严重影响了水产养殖业的健康发展。
第二，我国 20m等深线以外的海域开发利用存在一定的问题，养殖容量不合理、养殖布局不科学都已经危害到了海洋环境的生态平衡，已导致水质恶化、大量病菌滋生，对海洋生态环境造成了严重的破坏。
此外，我国的池塘养殖对水资源的消耗较大，许多养殖场为追求产量的提高而进行高密度养殖，大量投放鱼苗、饵料和渔药等物质。一般来说，在鱼类池塘的养殖后期，随着养殖密度的不断加大，残饵、鱼类排泄的大量沉积，为改善养殖水质，大约每个星期至少需要对养殖池塘换水一次，一年就需要换水 20-30 次，每次平均换水大约在 20%到 30%之间，这需要消耗大量的水资源。
据此计算，如果养殖池塘的水深为 1 米，那么，每亩养殖池塘每年需水量最少为 4000 吨。根据对舟山市定海区长白岛南美白对虾养殖池塘的调研结果显示，该区域的养殖规模为 500 亩，饲养前期，由于苗种较小，水质恶化慢，基本无需换水，但是，随着虾苗体型增长、投饵量增加和气温升高，水质恶化很快，每天的换水深度换水达到 20 厘米左右，约为 446 吨。
目前，我国节水、节能、减排的绿色池塘养殖模式尚不成熟，由于环保养殖设备和净水、节水设施成本较高，与养殖者追求经济效益的目标相矛盾，养殖者往往还是采用传统的养殖模式进行生产，对水资源造成了极大的浪费。
五、总结
近年来，我国水产养殖业取得了突飞猛进的发展，与水产养殖业快速发展态势相伴随的却是养殖活动对我国生态环境的破坏。我国部分养殖水域污染状况严重，生态环境遭到了严重的破坏。我国应严格规范养殖者的生产行为，并且不断创新环保养殖技术，降低养殖活动对生态环境的污染，开创出一条可以兼顾产业经济增长和水域环境保护的生态化发展道路。
