1、转基因作物作为“新物种”侵占新环境。

自然界里从来没有过转基因生物，这是按照人的意志合成的“怪物”。它们因其体内有特殊基因，更具竞争性和入侵性。植入抗虫基因的作物，比一般的作物更能抵抗病虫害袭击。长此下去，转基因作物将取代原来的作物，造成品种丧失。

2、转基因作物产生基因环境污染。

转基因植物通过花粉进行基因转移，导致非转基因植物受到污染。在加拿大，被用作实验的油菜，开始只具抗草甘膦、谷氨酸磷或咪唑啉酮其中一种功能，后来发现了同时具备这三种功能的油菜，这说明这三种油菜之间产生了“基因交流”。

3、转基因化食品会产生不可预见的生物突变，会在食品中产生较高水平和新的毒素。

4、转基因食品中减少食品的营养价值或降解食品中重要的成份：美国的研究资料表明，在具有抗除草剂基因的大豆中，异黄酮类激素等防癌的成份减少了。基因化食品的虚假新鲜感迷惑消费者,有光泽的红色蕃茄能贮藏几周，但营养价值较低。

5、转基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物，这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。这些基因通过细菌而影响我们。英国的研究显示，转基因作物中的突变基因可能会进入到生物体内，其结果可能会导致新的疾病。如果类似结果发生在人和动物体内，就可能培养出功效最强的、抗菌素也无法杀死的超级细菌。

6、副作用：能杀害人体：Mayeno,A.N.等(1994)报告，发生一种新的，不明原因的病症，主要表现为嗜酸性肌痛。临床表现有麻痹、神经问题、痛性肿胀、皮肤发痒、心脏出现问题，记忆缺乏、头痛、光敏、消瘦。后查明系日本一公司生产的基因化工程细菌产生的色氨酸所致。食用者在3个月后发病，导致37人死亡，1500人体部份麻痹，5000多人发生偶尔性无力。

7、过敏或变态反应：基因技术会在食品中产生不能预见的和未知的变态反应原。科学家把巴西胡桃的特性移植到黄豆上去，结果

却使一些对胡桃过敏的人在摄取黄豆后有产生过敏性反应的可能。