《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。Kyung-woo自小就有视障问题，所以对UFO感到好奇的她永远不能看见自己想见的东西。在辅导中心工作的她因为夜归，每晚都乘搭尾班巴士回家。而驾驶这尾班巴士的便是PARKSang-hyun。失恋过的Sang-hyun日间是一名巴士司机，但放工后便在自己的家仿如电台DJ般主持节目。有时他会因独自主持节目而感到寂寞。Sang-hyun和Kyung-woo本来并不相识，然而某一晚Kyung-woo坐巴士坐到总站仍未下车，Sang-hyun便上前唤醒她……即将从音乐学院毕业的马晓琴的父亲马暑天突发脑淤血，弥留之际把两张存折交给她，一张是给她出国留学的费用，另外一张让她交给一个叫萧美芳的女人。

萧美芳的家在偏僻的山村，在上个世纪80年代中期，马晓琴的父亲被派到这个山村……二十世纪初，埃贡•席勒是维也纳最受争议的艺术家之一。他的生活与作品常受美丽女子及其所生活的行将末路的时代所驱动。其中两个女人对他产生持续影响——他的妹妹葛尔蒂是他的首位缪斯，而十七岁的瓦莉也逐渐成为其真爱，并在代表作《死神与少女》中留下永恒身影。席勒的极端绘画成为维也纳的丑闻，但诸如古斯塔夫•克里姆特等大胆的艺术家和艺术商却领略到其中的不寻常之处。然而，席勒也准备好翻越自己的痛苦，为艺术牺牲爱情与生命。圣约翰大学实验室女教授于胜男和科学家康华生结伴来至梧县，调查总探长洪涛的老友，狱警老苏州苏义，公报私仇杀害某黑帮头目的案子。案情扑朔迷离，老苏州也供认不讳，但胜男、华生二人通过缜密的调查还是发现该案的蹊跷之处。他们合力拆穿了作为目击证人刘小三的虚假证词，而刘小三为避免被周彪的狱中同伙杀害，恳求胜男二人帮他转到上海监狱，为此他愿意将“铁镜公主”的线索作为交换条件。铁镜公主数年前是名震上海滩的女杀手，她手段残忍，形迹诡异，始终不曾被警方抓住任何把柄。在梧县狱警小吴的配合下，胜男等人踏上押解刘小三的旅程。谁知更大的危险等在前方……亚汉与亚明同是医院杂工，为了勤奋有正义感，一日，亚汉偶然发现梁医生与一病人何太家属密谈而产生怀疑，女友李玉芝告之何太已在手术中不幸逝世，亚汉让亚明为何太验尸找出致死的原因，不料女友实为梁的同党，亚明遭灭口，更安排杀手欲除掉亚汉，经过多次死里逃生，几经辛苦，亚汉最后终将这些凶徒送上法庭。