生物性污染指微生物和寄生虫对畜禽产品的污染。按照污染方式可分为内源性污染和外源性污染。
1.1 内源性污染 指食用动物的生前污染，即来自屠畜自身的污染。内源性污染大致可分为两种情况。①动物生前感染传染病或寄生虫病。动物的传染病和寄生虫病，其中人畜共患的有一百多种，如炭疽、结核、囊虫病及布氏杆菌病等。另外，如猪瘟、鸡瘟及传染性胸膜肺炎等，虽然不是人畜共患病，但由于病原体可在动物体内大量繁殖，使组织器官出现脓肿溃疡等炎症变化，毒性物质蓄积，并可能继发感染其他疾病，使畜禽产品受到污染，引起食物中毒。②健康动物体内常在菌。健康动物的组织器官内，常存在着许多微生物，正常情况下不引起畜禽发病，一旦环境适宜，便可大量繁殖，引起疾病、污染食品。如淋巴结、肝、脾中常有多种细菌存在，牛盲肠与盲肠淋巴结的沙门氏菌检出率达50%以上；健康猪的扁桃体常有丹毒杆菌生存；一般动物的胃肠内常驻留有多种微生物，如大肠杆菌、空肠弯杆菌和沙门氏菌等。
1.2 外源性污染 指肉品在加工及流通环节的污染。外源性污染大致可分为以下6种情况。①空气的污染。虽然空气本身缺乏微生物生长的营养物质，但是，空气中的粉尘和气溶胶常附着一些病原微生物，如溶血性链球菌、脑膜炎双球菌、流感病毒等。在屠宰加工过程中随着冲洗设备和地面、喷雾、打喷嚏等把带菌的痰沫与鼻涕所形成的气溶胶和尘埃、沉降到肉品上造成食品污染。②土壤的污染。土壤是自然界含微生物最多的场所，畜禽在屠宰时，如果体表的粪土冲洗不干净或胴体、脏器直接与地面接触，土壤中一些致病性微生物(如肉毒梭菌等)就极易造成肉品污染。③水的污染。水中的微生物种类很多，如果用不清洁或未消毒的水直接冲洗胴体、内脏、设备、器具和车辆或洗手时，都可能污染肉品。④加工过程污染。畜禽在屠宰加工过程中，有些操作方法和操作过程也可以引起肉品的污染。如放血刀受污染，可把细菌带到屠体深部污染肉品；断颈法宰杀时，胃内容物外逸会污染血和局部胴体；开膛时割破或拉断肠管，浸烫过久、放血或开膛之间时间过长，都可以引起肠道细菌的逸出而造成污染。⑤工作人员污染。正常人的呼吸系统、泌尿系统、生殖系统及体表都有一定类群和数量的微生物存在，如果工作不注意卫生或患有化脓性皮炎和开放性结核等疾病时，都可能直接或间接污染肉品。⑥流通环节的污染。肉品从生产到被食用还需要许多中间环节，如储藏室空气污浊潮湿，虫蝇孳生，运输车辆消毒不彻底，包装材料不卫生，销售时无防蝇防尘设备，刀具不洁，煮调时热处理不充分等都可导致病原从口而入，危害人体健康。
2 非生物性污染
非生物性污染是指各种化学物质和重金属、药物杀虫剂、合成洗涤剂、饲料添加剂、食品添加剂及其他有毒化合物和放射性物质对肉品的污染。非生物性污染大致可分为以下3种情况。
2.1 畜禽用药的污染 在畜牧业生产中，药物应用非常广泛，常用一些化学药物喷洒动物厩舍和体表，用以预防消毒各种有害虫类、菌类和病毒的滋生；用抗生素、磺胺、生长促进剂和各种激素制品等预防治疗动物的某些传染病、寄生虫病或调节和促进动物的生长，致使某些药物残留在肉品中，当人们食用后达到一定限量时便可引起慢性中毒、致病或致畸。另外，药物污染的饲料，通过食物链富积作用使其残留大为提高。
2.2 环境及食品包装材料污染 环境污染问题日益受到世人的关注，农药、化肥、合成洗涤剂、汽车尾气、重金属的冶炼与应用、工业“三废”和放射性物质的污染，使人们赖以生存的自然环境正在遭受严重破坏，大气、土壤、水源污染严重，生态环境失调。这些化学物质在动物体内排出缓慢，并且在食物链中容易被生物富积扩大，达到一定的阈效应水平后，就会引发蓄积中毒。肉品在加工、储藏、运输、销售过程中要接触各种工具、容器和包装材料。如塑料容器中未聚合的游离单体、残留的化学处理剂及低分子裂解产物的毒性可向食品中转移。金属、陶瓷、搪瓷容器中含有铅、锌、镉、锑的氧化物。废旧包装纸上存在有大量细菌，油墨中含有多氯联苯、苯、甲苯、二甲苯等有毒致癌物质。放射性元素可沿食物链进入人体造成危害，如肝中贮留的锑、钴可以引起肝硬化及肝癌，嗜骨性的锶、镭、钚可以引起骨癌及白血病。
2.3 肉品加工环节的污染 在肉品加工中，为延长保质期或使其具有独特的色、香、味、形等工艺需要，常人为地加入一些食品添加剂而造***为肉品污染。如薰制烧烤食品中常含有较高的苯并芘，炭火烤的肉制品中含量可达2.6~11.2 ug/kg，松木薰制的红肠中含量高达88.5 ug/kg，长期食用将会高发胃癌。生物性污染和非生物性污染抗生素残留
