一是专业技术人员缺乏。按照相关法律规定，村庄规划由乡镇人民政府组织编制，但因乡镇人员专业能力不足，工作的涉及的面比较繁杂，对规划编制的技术路线掌握不清，导致规划没有经过严密的调查讨论，数据不完善，无法进行数据的审核工作，编制的规划不够科学。

二是经费不足，规划成果不完善。当前，所有规划的费用均需县级财政支出，而县级财政困难，导致大多数村政府规划时选择相对便宜的单位编制，编制单位技术力量和人员的投入相对较少，对于现状的调查也往往采用以前的数据，而不是进行详细的实地调查，导致编制出来的村庄规划与实际脱节，实施意义不大。

三是受生态保护红线影响，永久基本农田限制较大。参与村庄规划的项目的所在地大多已经被生态保护红线和永久基本农田限制住，可用于发展的空间狭小，对于村庄的长久稳定发展的约束性大。

四是上位规划难以衔接。由于县级国土空间总体规划还未编制完成，村庄分类未明确，基本农田保护目标、新增建设用地指标等均未确定，导致在规划编制过程中存在很多不确定性因素，编制出来的规划也难以实际指导建设。

五是用地调整困难。位于村中心低效用地（如荒废的宅基地、村民以前的垃圾堆放点、闲置用地等）较多，对于其中的益耕用地，由于位于村中心反还为耕地的可实施性小，一般都定位新增建设用地，但占用的耕地就会难以补齐。