有机肥养分比较全面，肥效稳定、持久，同时还能起到疏松土壤，培肥地力，改良土壤结构，提高作物产量和品质等多种作用，是农业生产中的一类重要肥料。从古至今，有机肥在我国农业生产中都有着举足轻重的地位，虽然在化肥工业大发展时期稍有低谷，但随着绿色、优质、高效、健康、环保的新型农业的快速发展，有机肥料已再度受到青睐。传统有机肥料：是指以有机物为主的自然肥料，多是人和动物的粪便以及动植物残体，一般分为农家肥、绿肥等。农家肥是农户利用人畜粪便以及其他原料加工而成的，常见的有厩肥、堆肥、沼气肥和草木灰等。农业收获植物及其加工残余物也是一类具有广泛应用价值的农家肥，如菜籽饼、大豆饼、花生麸等饼粕类肥料，养分含量较高。绿肥是利用绿色植物体的全部或部分直接翻压到土壤中作为肥料，是中国传统的重要有机肥料之一。商品有机肥：是以畜禽粪便、动植物残体、生活垃圾等富含有机质的固体废弃物为主要原料，并添加一定量的其他辅料(如风化煤、草炭、中药渣、酒渣、菌菇渣等)和发酵菌剂，通过工厂化方式加工生产而成的肥料。与传统农家肥相比，商品有机肥料具有养分全面、含量高、质量稳定等特点。对土壤肥力的影响物理性质：土壤物理性状的好坏直接关系到土壤养分供给能力的大小。

众多研究表明，施用有机肥料能改善土壤的物理性质，具体表现在长期施用有机肥可使土壤团粒结构增加、透气性增强、保水能力增强，土壤容重下降。化学性质：长期施用有机肥料可以活化土壤养分，提高土壤养分含量，增强土壤供肥能力，调节土壤pH值和土壤电导率。生物学性质：土壤微生物可以反映土壤中物质代谢的旺盛程度，是土壤肥力的一个重要指标。施用有机肥可以提高土壤酶活性，改善微生物的生存环境。有害物质：施用有机肥料使土壤有机质含量增加和更新，能够极大提高土壤的吸附能力，有利于去除土壤中有毒物质或减轻其毒害。对作物的影响作物产量：施用有机肥料可以提供作物生长发育所需的有机、无机养分，改善土壤环境，从而促进作物生长和提高产量。作物品质：增施有机肥可通过改善植物营养状况和生长条件对作物品质产生良好的影响，包括外观品质及口感风味等。常见植物源性有机肥原料秸秆类：常见的原有玉米秸秆、小麦秸秆、豆秸秆、水稻秸秆。含有高的纤维素和木质素等大分子物质，氮磷钾等养分含量较低(除豆科类)，单独用这类物料做有机肥的罕见，一般用来增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这类原料比较丰富，价格低廉，但因这些物料多存在农业从事散户手中，大面积收购比较困难，且季节性较强，全年生产需提前备货。

常见动物源性有机肥原料动物粪便：羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。但是须采用无公害生物降解法。厩肥：同样要腐熟，新鲜厩肥含难分解的纤维素、木质素等，碳氮比较大，而氮大部分呈有机态，如直接用新鲜厩肥，会因微生物分解过程中吸收土壤养分和水分而与作物争肥。饼肥：作追肥要腐熟后才能使用，直接施用要将饼肥充分粉碎后开沟施入，并稍离根系，以免发酵时发热灼伤根系。绿肥：主要注意绿肥的品种特性、播种时间、翻压时期等，还有一点是绿肥可是需要适当施肥的，以达到小肥养大肥的效果。此外，在施用有机肥时还应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求。在土壤问题严重及作物关键生长期，可配合使用海精灵生物刺激剂(根施型)，来壮大根系，改良土壤，增强作物营养。虽然有机肥好处很多，但也不可过量使用。过量使用有机肥会导致以下情况发生：烧苗、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等。