种植水芹的农户都知道，水芹多采用无性繁殖。对水芹种株，要建立种子田进行繁殖。留种田一般在11月中旬或第二年早春3月上中旬栽植种株。1亩留种田种芹一般可以栽植10~15亩大田。
留种田应选择靠近水源、排灌方便、肥力适中的水田。栽植前要耕翻耕平，适施基肥，一般亩可用腐熟的有机粪肥1000公斤、复合肥50公斤左右作基肥，或在生长期追施人粪尿1~2次，每次每亩1000公斤左右。要注意氮、磷、钾肥的配合，防止氮肥过多。肥田可不施基肥。
留种田的种株要求在上一年冬季进行选择，在水芹生长健壮、无病虫害的田，不必进行软化处理。种株要求具有原品种的特性，生长高度中等，茎秆粗壮，节间较短，直立，丛生，无病虫害，分株集中的成片选留，去杂除劣。
留种田栽植前将选好的种株拔起重新栽植。长江中下游地区多在立冬、小雪期间或翌年春分、清明期间，选择睛暖天气，从留种田选拔植株，以3~4株为一簇，理齐栽插，冬前栽植株株行距为(10~15)厘米X(10~15)厘米，第二年春季栽植的株行距为(8~12)厘米X(8~12)厘米。深度以不浮起为度。但春栽成活后发棵较小，一般以冬前栽植为好。如冬前栽植，栽后应保持3~6厘米水位，封冻前还要加深水位，使叶尖露出水面，这样可以保温防冻。如果是翌年春栽，由于天气转暖，水位可以浅些。夏季水位一般保持在3~6厘米，田间经常灌流动凉水，以防腐烂。
留种田一般不施追肥，如果植株生长细瘦，发棵不旺，叶片直立，心叶和全株发红，则为缺肥现象，应及时追肥，但追肥量也应适当控制。如果只是部分植株生长不良，则可对部分植株进行重点追肥。一般种株在清明、小满期间应看苗追肥1~2次。要注意氮、磷、钾并重，防止偏施氨肥。抽序开花时可喷施0.2%的磷酸二氢钾2次，以补充磷、钾肥。
在种株抽序开花以前，常会出现分株过多、株问过密等现象，容易引起种植徒长，并易滋生病虫害，在长江流城，这种情况多在4月中下旬发生，应结合除草，及时疏除部分细弱分株，促进通风透光，生长过密还可割去顶梢，抑制其生长，同时疏下的分株也可作为商品菜上市销售。
芒种以后，种株生长已高达1米以上，顶端抽墓开花，花秆老熟， 叶片枯黄，节上都生有小芽，此时就不应再下田除草、疏理，防止折断茎秆。开花后可逐渐排浅田水，但要保持土壤始终充分润湿。
