我国鱼类育种在过去15年取得了很大成就，采用杂交、群体选育、家系选育和细胞工程等传统育种技术共培育出60多个鱼类新品种，其中绝大多数新品种是针对生长性状而进行选育的，获得了一大批生长速度提高10-30%的新品种，推动了我国鱼类种业的形成和发展。但近几年随着鱼类工业化养殖的快速发展，一些问题相继出现，比如种质退化、生长速度不够快、养殖周期较长、病害频发、抗病力下降、养殖成活率低、抗逆能力差以及养殖成本高等问题限制了鱼类工业化养殖业的快速发展。工业化养殖对鱼类遗传育种研究和新品种培育提出了更高的要求，不仅要求新品种生长快， 而且还要抗病能力强、耐低氧、耐氨氮能力强、饲料转化效率高、品质优等，而传统育种技术存在选育效率不够高、选育周期较长、难以对生长、抗病、抗逆和品质等数量性状进行高效选择等不足，难以满足工业化养殖对鱼类新品种培育的要求。而基因组育种技术是近几年发展起来的采用基因组信息和基因组技术进行育种的一类分子育种技术，主要包括全基因组选择和基因组编辑2项技术。这2项技术一经诞生，就展现出其巨大的应用潜力和广阔的应用前景，目前已成为国内外生物育种最有潜力的现代分子育种技术，是推动生物种业发展的加速器，也是选育适合工业化养殖优良品种的重要技术手段。近4年来，我国相继完成了半滑舌鳎、鲤鱼、大黄鱼、草鱼、鲫鱼、石斑鱼、牙鲆、大菱鲆等一批重要养殖鱼类全基因组序列的破译和精细图谱的绘制，为建立养殖鱼类的全基因组选择和基因组编辑技术奠定了重要基础。当然，要想为工业化养殖提供优良种质保障，还需要集成应用多种育种生物技术和养殖技术，包括种质鉴定、性别控制、精子冷冻保存、细胞工程育种及病害检测与防控技术等。本报告将以鲆鲽鱼类为例，结合作者团队在半滑舌鳎和牙鲆全基因组解析、性别控制、基因组编辑与全基因组选择技术研究与应用方面取得的最新进展，描述了从基因组资源发掘到产业化应用的历程，展望了工业化养殖时代鱼类遗传育种的研究方向与发展前景。