黄祖辉决定“以基地为平台，以‘CARD’为品牌，以项目为纽带，以学术为根本，以制度为保障。”打破学科间老死不相往来的藩篱，将各路英豪都整合到CARD，共同进行课题研究。2004年，黄祖辉主持《解决中国“三农”问题的理论、思路与对策研究》,这是浙江大学申请到的第一个国家社科基金重大项目。立项后，黄祖辉组成了一个20多人的研究团队，其中包含政治学、经济学、法学、社会学、农学等诸多学科专家，经过4年多的联合攻关，系统提出了解决“三农”问题的总体构想、基本思路和具体对策。出版了《中国“三农”问题研究文丛》达26部之多，该课题以免于鉴定形式结题。此后，大量重大科研项目频频落户CARD，其中包括多项国家社科基金重大项目、教育部重大攻关项目，以及大量的国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、国际合作项目、教育部和浙江省重大项目等。2009年,全国62个国家社科基金重大招标项目，CARD一举拿下两个，全国180人获得国家自然科学基金管理学科青年科学基金的资助，CARD独占三席；三年一度的国际农经学者大会，CARD有4篇论文在激烈竞争中入选。经过十多年运作，CARD的运行机制日趋成熟，一大批具有国际影响的成果在CARD问世，一大批研究人员在CARD茁壮成长。在国务院学位办的学科评估中，CARD连续登上“农林经济管理”专业榜首。在此基础上，黄祖辉利用CARD的学术影响，开展决策咨询，先后向中央和浙江省委、省政府提供“三农””决策咨询报告、提案40多篇。