前言
生信作曲家一直致力于构建国内和谐、开放、可持续的生物信息交流平台。生信作曲家的目标是为每个科研人扫清科研路上的一切障碍,让生物信息学人人可做。目前,生信作曲家已推出"跟着一区文章学通机器学习","跟着一区文章学通单细胞",Bootstrap,CIBERSORTx, NTP, TICPE,metaVIPER算法等多种强力教程,同时也兼具GEO数据库,ICGC数据库数据整理等核心入门技术教学,开办发文计划max,ultra,7天发文A计划,五一创新发文计划pro,生信中秋分享会、小年夜分享会、暑期集训营和冬季集训营等多次。辅导同学实现纯生信SCI发表硕果累累。
生信作曲家优秀本科辅导如火如荼举办,我们看到,有很多优秀同学通过辅导技能日益增长,并且,他们成了解决问题和思考问题的好手。
以下图文均来自优秀本科生的学习笔记!
R语言装包问题解决
最近在R语言安装包时,遇到了一些问题,经过探索最终成功解决。
需安装的包如下:hgu133plus2hsentrezg.db、huex10sthsentrezg.db、hgu133bhsentrezg.db、hgu133ahsentrezg.db。
首先直接尝试用install.packages()下载,提示
“this package is not available for the R version”。
接下来尝试用Biocmanageer下载:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
library("BiocManager")
BiocManager::install("hgu133plus2hsentrezg ")
提示“this package is not available for the Bioconductor version”。
于是,尝试在Bioconductor中搜索该包,发现此包未收录在Bioconductor中(惊讶脸)。
然后在Github搜索,发现了有“hgu133plus2hsentrezg.db”、“hgu133ahsentrezg.db”包的tar.gz文件,于是尝试通过将包下载到本地,进而R中本地安装的方法。
另外两个包“huex10sthsentrezg.db”、“hgu133bhsentrezg.db” 在Github未找到,直接百度搜索也未找到,
在作曲家老师的建议下,通过google搜索,在Index of /bioc/src/contrib/ (umich.edu)中找到了这两个包的tar.gz文件。
R语言本地安装R包包的方法如下:
从“packages”界面进入,点击“install”,选择包文件所在的位置,直接install,便可成功安装。
因此,对于特别生僻的包,采取google搜索依然可以找到很好的解决资源。当然,如果你还是没法解决问题,务必多咨询作曲家老师