真核生物的DNA与多种蛋白组成复杂的染色质，并且基因的表达往往需要多种蛋白因子参与调控。因此，解析目标蛋白质如何与DNA相互作用，对于阐明基因表达的调控机制研究至关重要。ChIP就是能够解决该目标的一种技术，采用特异性抗体对目标蛋白进行免疫沉淀，能够将目标蛋白结合的DNA片段一起富集到，通过对这些DNA片段的检测，寻找与目标蛋白特异结合的DNA具体位点以及结合强度。随着近些年来高通量测序技术的发展，将ChIP与测序相结合，成为ChIP-seq技术。它将ChIP获得的DNA片段进行高通量测序，可以让我们在细胞生理状态下、全基因组范围内高分辨率、低噪音、高覆盖率地分析蛋白质-DNA的相互作用（目标蛋白是否与DNA结合，具体的结合位置，结合的强度）。

01转录因子结合

应用于DNA序列上转录因子结合位点（Binding sites）与结合强度的识别。转录因子的基因调控机制是基于每个特定DNA结合位点的，ChIP-seq能够鉴定出采用不同基因调控机制的单个转录因子如何根据结合位点识别基因序列的简并度，以及与转录起始位点的距离。

02组蛋白修饰

主要应用在表观遗传学领域。染色体的基本结构单位“核小体”由4种组蛋白（每种各2个，组成一个8聚体）与其上缠绕的DNA片段构成，组蛋白尾巴肽链上的氨基酸可以被靶向加上一些化学基团，即“修饰”，改变附近的电荷环境与染色体构象，从而影响DNA片段上基因表达的活性。ChIP-seq能够分辨出某种特定的组蛋白修饰在染色体上各区域的富集。

所以，做ChIP实验的前提是，目标蛋白一定要有DNA结合功能哦~

一次ChIP得到的DNA片段，实际上包含了目标蛋白在细胞内所有能够结合的DNA信息。以转录因子为例，一个转录因子可以同时调控多个基因，有多个DNA结合位点，只有通过对整个基因组结合位点范围的分析，才能识别出一些更高层次的功能原理。如果我们不进行seq，而只进行一些靶向序列的检测，就会损失大量潜在的有效信息。

ChIP-seq能够做到上述优势的原因是，在获取细胞时使用甲醛进行【交联】处理，于细胞原始状态下，将实时与DNA结合的蛋白质固定在原位，保存蛋白质与DNA的相互作用状态不改变、信息不丢失。然后通过超声破碎或酶切的方式，将交联后的染色质打断成200-600 bp的片段。接着，使用针对目标蛋白的特异性抗体，将目标蛋白及其因交联而结合的DNA片段一同免疫沉淀下来。将蛋白质-DNA复合物解交联，并纯化DNA片段后，即可以对这些DNA片段进行文库构建与测序。

01 目标蛋白较新颖，或特定细胞/组织类型内目标蛋白与DNA的结合情况未知，可以使用ChIP-seq进行全面探索。

02 在整体通路研究中，将ChIP-seq用于验证“目标蛋白在实验条件下/不同分组中，是否与下游靶向基因结合，其结合强度与位置是否有改变”，从而可以直接联系到这些改变是否起到对基因表达的调控作用。

03 与基因表达水平的检测相结合（如转录组测序或RT-qPCR），则可以获得目标蛋白对下游靶基因转录调控模式的信息，大幅提高对目标蛋白的功能认识。

抗体的质量直接决定了实验结果的好坏。由于ChIP-seq的实验流程，普通用于免疫组化、Western Blot的抗体往往并不适用，因此一定要选择明确标注了可应用于ChIP的抗体。对于各种组蛋白修饰与多种转录因子，市面上基本上都已存在成熟的ChIP级别抗体；而对于没有ChIP级别抗体的转录因子，①首先可以查阅文献，查找他人是否使用过其它级别的抗体来做ChIP，如有，且数据质量良好，那么我们可以参照；②可以对目标蛋白加标签（GFP或FLAG等）构建融合蛋白，选择标签蛋白的ChIP级别抗体，针对标签进行ChIP。

input是指超声破碎或酶切后断裂的基因组DNA，它需要与免疫沉淀后的ChIP组DNA一同经过逆转交联，DNA片段纯化，后续的检测及建库测序，但【不进行任何免疫沉淀】。理论上它代表了整个基因组上被打断的、均匀的、未经特异性选择过的随机DNA片段。通过input检测，可以排除因本底水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性，能够去除免疫沉淀过程中的背景噪音。因此，在做ChIP-seq的时候，input基本上是必要一起做的。

ChIP-seq结果的分析全都是基于“peak”。我们假设基因组的全长是一本书，通过ChIP-seq抓到的DNA片段是印着书中一段文字的小字条；我们进行生信分析时，就像把小字条贴回文字的出处，测到DNA片段多的地方贴的小字条就越多，可能堆成厚厚一叠，像小山峰一样，这就叫peak。寻找peak的生信分析过程叫做“peak calling”。因此，统计学上显著的peak就代表在这个基因组位置上目标蛋白和DNA发生了结合，peak的位置与高低即反映了目标蛋白与DNA结合的位点与强度。从peak出发，我们能够进行下面一系列的下游分析，阐述目标蛋白结合位点的特征，及其与靶基因的关系：

芯超生物ChIP-seq服务优势

01 精准技术细节建议

我们提供一对一高级技术支持，从方案设计、抗体选择、样本准备开始，帮助您明确每一步注意事项，最大化实验收益，最小化意外风险。

02 一站式服务流程

您只需提供样本与抗体，我们为您完成从样品处理、ChIP富集、文库制备、上机测序到生信分析的全套服务流程。

03 标准的实验流程与丰富的项目经验

ChIP的富集是ChIP-Seq整体成败的重要关键。我们不仅在前期抗体选择时就进行一对一把控，实验过程中也采用高质量的标准商业试剂盒，由项目经验丰富的专业实验员通过优化的实验流程来操作处理，确保您获得最优质的结果。

04 专业的生物信息分析团队

芯超生物拥有⼀⽀训练有素的、从业经验超过15年的专业⽣物信息分析团队，一直以来参与多位院士领头发表文章的生信分析，能够满足您从基础到高级、从标准到个性化的多种数据分析需求。

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