动物肠道是营养物质消化、吸收和代谢的主要场所，也是体内最大的内分泌器官之一，肠道还是体内最大的免疫器官和免疫屏障，肠道黏膜具有特异性免疫效应和非特异性免疫屏障机制。因此，应用微生态健康养殖，保持动物肠道的微生态平衡，调节好了动物的肠道功能，保持动物肠道健康，就意味着调节好了动物的全身机能。
2、关于对肠道微生物及微生态环境的认识问题。
动物体内的微生物种类繁多，数量庞大。肠道菌群是微生物与其宿主在共同的历史进化过程中所形成的生态系，对动物是有益的、必要的和不可缺少的。因此，菌群与菌群之间和微生物与宿主之间以共生拮抗关系构成了一个相对稳定的微生态系统。维持肠道微生态的动态平衡对于动物消化、免疫和物质能量代谢等均具有十分重要的作用。
3、关于全程使用的问题。
大量的使用结果表明：应用微生态健康养殖技术，首先要考虑全程应用，对提高动物繁殖性能和生产性能、增强免疫力和提高抗病能力、消除免疫抑制、减少动物疫病的发生以及提高生产水平极为有利。
4、关于从出生就使用的问题。
出生动物的胃肠道是无菌的，在出生2小时内即可以检测出肠道微生物，正常情况下乳酸杆菌为优势菌，病态情况下，特别是发生肠道疾病时则以大肠杆菌为优势菌。因此，从出生时应用微生态健康养殖可帮助幼小动物就建立有益优势微生物种群，能有效防治疾病，大幅提高成活率，促进生长。
5、关于加强免疫消毒和日常管理的问题。
应用微生态健康养殖技术，不能代替免疫和消毒，应注意按科学的免疫程序和消毒程序做好免疫和消毒工作。加强日常管理，注意清洁卫生。选用质量好的预混料和采用科学的饲料配方。
6、关于微生态制剂的选择问题。
应用微生态健康养殖，微生态制剂的选择是关键。一是要选择高新生物技术生产厂家;二是产品的功能要明确，最好能满足不同品种、不同生长阶段对产品的要求;三是要选择技术含量高、技术设备先进、服务完善、经生产应用既有防病效果又有显著提高群体生产和生长性能的生产厂家的产品。
