1、发放机构不同
《农村集体经济组织登记证》原则上由县级人民政府农业农村行政管理部门负责发放并加盖印章，各省也可以根据实际情况确定由地市级或者省级人民政府农业农村行政管理部门发放登记证并加盖印章，具体工作由农村经营管理机构承担。
营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。其格式由国家工商行政管理局统一规定。
2、登记类型不同
《农村集体经济组织登记证》记载的事项中，登记类型统一为“集体经济”。
营业执照内资企业的分类为：国有企业、集体企业、股份合作企业、联营企业、有限责任公司、股份有限公司、私营企业、其他企业。
3、主体名称不同
农村集体经济组织的名称原则上由县级以下行政区划和改革类型依次组成。例如：组级集体经济组织名称统一为“××县（市、区）××乡（镇、街道）××村（社区）××组股份经济合作社（经济合作社）”。
营业执照的主体名字必须先域名注册，经审核后才可以使用。不能使用名牌商标名称，不能使用国字头或中字头的名称，不能随意使用地名或名人的名字等等。
《农村集体经济组织登记证》的管理
1、《农村集体经济组织登记证》启用后，先期已经取得组织机构代码和登记证的农村集体经济组织，应于2020年底前完成换证赋码工作。
2015年以来在农村集体产权制度改革试点中，由地方自行编码发证的农村集体经济组织，应于2019年6月30日前完成换证赋码工作。未按期完成换证赋码的农村集体经济组织，其旧证照作废。
2、《农村集体经济组织登记证》原则上由县级人民政府农业农村行政管理部门负责发放并加盖印章，各省也可以根据实际情况确定由地市级或者省级人民政府农业农村行政管理部门发放登记证并加盖印章，具体工作由农村经营管理机构承担。
经国务院、省级人民政府批准设立的开发区等区域，以及不设农业农村行政管理部门（或农村经营管理机构）的地区，其辖区内的农村集体经济组织由上级地方人民政府农业农村行政管理部门（或农村经营管理机构）负责发放登记证并加盖印章。
3、《农村集体经济组织登记证》的发放要严格履行农村集体经济组织登记赋码程序和手续，确保依法依规。
登记证发放前要严格审核相关材料，并对农村集体经济组织名称、类型、住所、法定代表人、资产情况、业务范围、成立日期、有效期限、发证日期等信息进行认真核查，核实无误后通过登记赋码管理系统打印登记证。
4、农村集体经济组织的名称原则上由县级以下行政区划和改革类型依次组成。组级集体经济组织名称统一为“××县（市、区）××乡（镇、街道）××村（社区）××组股份经济合作社（经济合作社）”。
村级集体经济组织名称统一为“××县（市、区）××乡（镇、街道）××村（社区）股份经济合作联合社（经济联合社）”，乡镇级集体经济组织名称统一为“××县（市、区）××乡（镇、街道）股份经济合作联合总社（经济联合总社）”。
名称中县级行政区划为市辖区的，应与其所在地市名称连用。仅有村级集体经济组织的，名称也可以称为××村（社区）股份经济合作社（经济合作社）。
农村集体经济组织的印章、银行账户等所使用的名称，应当与登记证中的名称相同。现阶段，广东省已按照地方政府规章办理登记、刻制印章的农村集体经济组织可以暂不作名称变更，本通知下发后新成立的农村集体经济组织应当按照本通知要求命名。
5、《农村集体经济组织登记证》记载的事项中，登记类型统一为“集体经济”，资产情况包括“集体土地总面积”和“资产总额”等。农村集体经济组织的业务范围统一为“集体资产经营与管理、集体资源开发与利用、农业生产发展与服务、财务管理与收益分配等”。
组织成立日期为农村集体经济组织第一次取得登记证（包括先期已经取得组织机构代码和地方自行编码发证）的发证日期。按照本通知要求办理登记赋码、换证赋码、变更登记后取得的登记证，自发证之日起10年内有效。
6、农村集体经济组织在办理登记赋码时，需要填写集体资产、改革时点量化资产等相关信息。其中，集体土地总面积为农民集体所有的农用地、建设用地、未利用地的面积总数，资产总额为农民集体所有的流动资产、农业资产、长期资产、固定资产、其他资产等账面资产总额。
净资产总额为集体资产总额减去负债后的差额（即所有者权益），资本为农村集体经济组织实际收到投入的资本总额，股本总额为完成农村集体产权制度改革的集体经济组织在改革时点全部股份对应的量化集体资产金额。
以上内容参考
中华人民共和国农业农村部政府信息公开-农业农村部办公厅关于启用农村集体经济组织登记证有关事项的通知
