从总结各地的辣椒生产情况来看，目前辣椒生产上存在的问题主要有以下一些：

（1）尚缺乏综合性状优良的辣椒品种目前大多数辣椒品种在结果能力和果实的品质方面表现得比较好，但在抗病性方面，特别是抗病毒病和疫病方面表现得则差一些。虽然也有一些辣椒品种对常见病害具有比较强的抗病性，但在结果能力、果实品质等方面却表现得比较差。（2）高新技术推广普及的程度还比较差目前，我国辣椒的栽培规模还远不如黄瓜和番茄的大，尤其是保护地的辣椒栽培规模更是少于黄瓜和番茄，栽培规模的不足限制了辣椒生产模式和技术的研究。在栽培技术应用方面，多数地方仍在沿用传统的、落后的辣椒栽培技术，特别是在保护地辣椒栽培中，与保护地栽培相配套的新法整枝技术、微灌溉暗浇水技术、配方施肥技术、病虫害烟剂防治技术、二氧化碳气体施肥技术、化控技术、再生技术等应用得就更差，相反更多的却是把露地辣椒栽培的一套做法搬进了温室、大棚内，从而限制了保护地辣椒的生产潜力发挥。（3）辣椒的栽培方式单调、落后，生产效益不高目前，我国辣椒生产方式主要是露地栽培，保护地栽培面积较小。在保护地栽培中，虽然个别地方也有一些档次较高的保护设施和较为先进的栽培技术，但总体来讲目前我国辣椒保护地生产方式还比较简单，南方地区主要是塑料大棚栽培，北方地区也以塑料大棚早春栽培为主，仅部分地区使用改良型日光温室或加温温室进行少规模的秋冬和早春栽培。总体上看，设施结构简单，保温能力差，光照也不足，导致设施辣椒生产产量不高、效益上不去。（4）辣椒生产重茬现象严重由于受市场的限制，目前我国大部分地区的辣椒生产专业化程度比较高，重茬现象严重，不仅导致普通病虫害危害严重，而且生理病害也有加重的趋势。（5）病虫危害严重由于受品种的抗病能力限制以及辣椒严重重茬的影响，目前辣椒生产上的病虫危害普遍较重，不仅茎叶发病厉害，而且像枯萎病、青枯病、线虫病等一些土壤病害的发生程度也较严重。一些发病严重的地方，特别是重茬严重的保护地里，已到了无法继续种植辣椒的地步。（6）辣椒无公害生产程度偏低由于盲目追求高产，以及受落后的栽培方式和设备的限制，目前辣椒生产中大量使用化肥、农药现象比较普遍，特别是氮素化肥和剧毒农药的使用量在一些地方长期居高不下，导致辣椒产品中的硝酸盐和农药残留严重超标。