水产养殖池塘多淤泥较厚，淤泥中含大量底肥，所以池塘中不缺少氮肥磷肥，不少养殖户前期施用大量化肥做底肥，此时水草刚种，不能吸收肥料，而且水体清瘦。
肥料中的氨氮、亚硝酸盐不能被吸收，迅速升高，使河蟹、青虾中毒，晚上爬草靠岸，无法吃料，而且虾蟹马上要脱壳，没有营养积累，导致脱壳出现大量死亡，严重影响青虾产量，河蟹前期成活率，并且多数河蟹高温发病死亡是由于前期不合理施肥，导致氨氮、亚硝长期偏高引起。
一、肥料的选择及肥水的方法
（1）化肥（复合肥、尿素），施用后藻类繁殖较快，水色漂亮，但维持时间短，因为这些肥料营养不全面，小藻类大量繁殖，比例不协调易引发气泡病，还容易因营养不足，导致藻类死亡，因而“来的快，去的也快”。同时用量不准，还会造成氨氮高。水草好时，可少量使用。
（2）颗粒性有机肥（如鸡粪、猪粪、大包肥等），因不溶于水，利用率较低，养殖过程使用，还会臭底。另外施用后易形成过多的浮游动物，易缺氧，水体不稳定。同时这类肥料多发臭，部分物质对水产动物有害。
（3）可溶性有机肥（，藻类全价肥料，营养丰富，更适合水瘦、低温肥水；肥水高效、持久、水色稳定，可避免水过肥及浮游动物大量繁殖；分解底泥中的有机物质，消除底层污染；同时会有大量的有机螯合物，可与水中的重金属等络合，起到解毒的作用，是养殖水体的理想肥料（可溶无残渣、提肥“吃”底泥、不易被吸附，性价比高！）。
目前，多数池塘以施无机肥为主，因营养不均衡，易造成池水不稳定，肥的快,去的也快。最佳水产用肥最好满足以下特点：可溶、营养全面、高碳低氮、低磷、活性（有一些菌或酶）。所以我们应该充分发挥各种肥料的特长，扬长避短，施肥时以可溶性有机肥为主，其它肥料及各种藻类促长因子为辅，这样肥起来的水更稳定持久。
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二、肥水时的一些注意事项
（1）不要一次施肥过量，应把握少量多次的原则。(10-15天一次)
（2）水较清澈，缺乏藻种时，应换水或补充藻种后再施肥。
（3）选择晴天上午施肥最佳，阴雨天施肥浮游植物光合作用不强，对氨、磷等元素的吸收能力较差易导致肥料流失。
（4）水中大量的浮游动物（如轮虫、枝角类）时，可少量多次杀虫后再施肥。
（5）天气闷热缺氧时，勿施肥。天气闷热时，水中溶氧较低，施肥后水中有机物耗氧量增加，极易造成缺氧。
三、水肥不起来的原因及处理措施
1、水中原生动物大量繁殖。原生动物以水中的藻类为饵料，并大量消耗水中溶氧，如果使用化肥，则会增加水体的毒性。这种情况应选择不被原生动物利用、耗氧低的可溶性有机肥，同时增氧、改底。
2、缺乏藻种。长期清瘦的池塘、水变倒藻后的水、浑浊池塘的水及一些新塘的水易缺乏藻种。这时应先加入老水或藻种后，再肥水。
3、青苔大量生长。青苔大量生长时会抑制藻类的生长，这时需处理青苔后肥水。
4、经常消毒、杀虫。由于水中、底泥中富集了大量药物，藻类不易生长，故先解毒后再肥水。
5、过量施肥。有些养殖户急于肥水，反而适得其反，越施肥水越瘦，严重时水发暗成茶褐色，造成水体溶氧很低，有机化、毒性化。
